Del monestir de Sta. Clara al 1327 van sortir 14 monges per fundar el de Pedralbes. Al 1513, en ser aprovada la Regla de Sta. Clara, els monestirs de clarisses van haver d’escollir entre l’una o l’altra Regla, i el nostre va preferir seguir amb la de St. Benet, passant així a benedictines.

En ser destruït el monestir al 1714, Felip Vè els donà part del Palau dels Reis (actualment Museu Marés, Museu d’història de la Ciutat i Saló del Tinell). Després de la guerra del 1936 van viure provisionalment en diversos llocs, fins a la unió amb les monges que estaven a Sta. Cecília de Montserrat.

Segueixen les Abadesses: Alemanda de Vilanova, Beatriu de Mur, Francesca Torravella, Romia Desvalls, i Clemència Ermengarda que rep de Gregori XI el privilegi d'usar bàcul pastoral (1371).

Al 1373 tenim com a abadessa del monestir, a Subirana Çarrovira, seguida de Constança Ricarda (que rep un privilegi del rei Pere el Cerimoniós), Joana Giberta,  Constança de Cortillo, Sanxa de Rafaguera, Clara de Cortillo, i Isabel Pujolà que va negar-se a pagar el subsidi al bisbe, ja que les monges eren exemptes. La va defensar, davant el prelat, l'abat de St. Cugat.

Al 1447, van seguir el llinatge d'abadesses de la família Rajadell: Serena i Elionor.
Durant l'abadiat d'aquesta última, els cossos de les nostres Santes (Agnès i Clara), reberen una sepultura "més digne". 
Segons consta, les dues abadesses "fundadores" havien estat enterrades al cementiri comú del claustre, però havent vist les monges algunes clarors extraordinàries en el lloc de les seves sepultures, l'abadessa Elionor les va fer traslladar. Els cossos foren trobats íntegres. A la sepultura de Sta. Agnès (la neboda de Sta Clara d'Assís), hi va posar una inscripció llatina que deia:

"HIC SEPULTA EST SANCTA VIRGO AGNES, QUI HUJUS MONASTERII PER XLVII ANNOS ET AMPLIUS, PRIMA ABBATISSA EXISTENS, TANTO IN MORTE ET POST, GLORIOSE CORUSCAVIT MIRACULIS, QUANTO DUM VIVERET SANCTITATE VITAE ET CLARITATE FAME PREFULSIT, OBIIT ANNO DOMINI MCCLXXXI, XV KL. OCTOBRIS FERIA IV".

Per causa de la guerra del rei Joan II contra Catalunya, i durant el setge de la ciutat de Barcelona, l'abadessa Aldonça Carreras (1465-1493) i les monges de la comunitat, hagueren de sortir del Monestir, per refugiarse en una casa particular. Aquí passaren tantes estretors que, per manca de llenya, hagueren de cremar algunes taules de fusta.

Durant l'abadiat de la mare Margarida Rajadell (1493-1500), s'inicià la reforma manada pels Reis Catòlics en els monestirs de clarisses, rejentats pels franciscans, imposant-hi  reixes i normes estrictíssimes de clausura. En oposar-s'hi, l'abadessa Rajadell demanà de passar a l'orde benedictina, sota la tutela dels monjos de la mateixa orde. La demanada fou portada a Roma on s'inicià un procés llarg.

Els abadiats de Serena marca (1503-1504) i el de Constança de Vialtorta (1506-1519) hi romangueren igualment involucrats, fins que al 1513 consten com a Visitadors del monestir de Sta. Clara, els monjos benedictins. En l'afer hi intervingué el Sr Lluís Narseve, ciutadà honorat de Barcelona, que anà a Roma sol·licitant de la Santa Seu la facultat de deixar l'observança clarissa i agregar-se a l'Orde de St. Benet. La butlla Pontificia de 1513 ho confirma.

Al 1519 és elegida abadessa Elionor de Rajadell, i a partir d'ella totes les abadesses són confirmades per la benedicció perpètua. Les primeres cartes de Professió que tenim a l'arxiu del monestir, són a partir de l'abadessa Beatriu Sescomes, que és la successora de l'anterior. 

Amb l'atra abadessa: Elionor Prat, es comença a parlar de les monges amb el nom de "domna" (corrent entre les benedictines fins abans del Vaticà II), que és una abreujatura del llatí "domina", senyora.

Després de l'abadiat de Jerònima Oluja, trobem que Francesca d'Argensola  és confirmada en el càrrec pel Papa Pius IV.

Durant l'abadiat  de Brianda de Vergós, és elegida abadessa per al Monestir de St. Daniel de Girona Domna Joana Descopons, monja d'aquest monestir de Sta. Clara. És beneïda en la nostra església (on ara hi ha el saló del Tinell). Acompanya a St Daniel la germana de la nova abadessa, Àngela Descopons, essent encara novícia.

Elisabet de Villalonga és confirmada en el càrrec d'abadessa pel Papa Sixte Vè.  Brígida de Rajadell, i Francesca Muntmany per Climent VIII.

L'abadessa Maria Anna Gibert (1597-1603) va rebre la visita, del rei Felip III, quan després del seu casament amb Dª Margarida (1599), arribà a les 6 de la tarda al Monestir. L'abadessa, amb les monges, li donaren a adorar una relíquia de la Vera-Creu, que havien posat en una tauleta coberta amb una seda vermella. Els reis s'agenollaren en dos coixins de vellut carmesí, i una monja els donà a besar la relíquia. Després entraren al Chor i l'Abadessa s'assegué al costat del rei, però deixant una cadira entremig. Van resar Vespres, i seguidament visitaren els sepulcres de les "Santes". Després anaren al refectori per prendre una col·lació feta de confitures, un pastís reial i vi blanc.

El mateix any va entrar al Monestir la nena M. Àngela Pujol que vestí l'hàbit a l'edat de 6 anys i morí a casa seva, essent novícia, als 9 anys.

El 26 de febrer de 16001 es féu un altre trasllat de les "Santes", perquè poguessin ésser visitades alhora pels fidels que ho desitgessin, com per les monges, des de la clausura. El lloc escollit estava situat entre l'Altar Major i una sala del convent.

A l'època d'aquesta Abadessa Anna Ma, tres monges del nostre Monestir (Dna. Estasia Negrell, Dna. Maria Romeu, Dna. Caterina Terreras), s'integraren a la Comunitat de St. Daniel de Girona a fi d'ajudar-les, doncs sols hi quedaven sis monges.

En aquest seu mandat, hi hagué un plet (1601-1611) dit del "Terraplè de la muralla", pel fet que l'Ajuntament de Barcelona s'apropià d'un terreny que pertanyia al Monestir. L'Abadessa apel·là a Roma, contra els Consellers de la ciutat, i guanyà.